Не самое очевидное: Цилиндр, созданный из квадратного браша с помощью команды path/cylinder на самом деле цилиндром не является! Попробуйте создать такой цилиндр, скопировать его и расположить так, чтобы он точно совпадал со своим клоном. После этого поверните на 45 градусов (для этого нужно выбрать сетку 1). Если цилиндр имеет достаточный радиус - вы увидите суть проблемы.
Где мешает:
Если вы захотите сделать вращающийся объект из таких цилиндров, то при вращении контур цилиндра будет постоянно меняться. Вы можете найти этот эффект на многих картах сторонних разработчиков (даже в Moth prefabs прокралась такая ошибка, смотрите moth rotating light machine). Тем не менее на картах ID такого глюка замечено не было, более того, они обработали даже некоторые трубы. (Соответственно, смотрим SFD, там есть такие вращающиеся части)
Как исправить:
Выбирайте исходный цилиндр, переключайтесь на мелкую сетку, включайте редактирование точек и двигайте розовые точки к центру цилиндра, пока торчащая за пределы второго (повёрнутого) цилиндра часть не впишется в него. Проделайте то же с остальными угловыми розовыми точками. После этого повёрнутый цилиндр можно удалить.
Есть префаб:
http://c4tnt.ucoz.ru/load/24-1-0-32 - готовые трубы разных размеров. Эта ошибка в них скорректирована.